cPLA2抑制剂库

cPLA2 inhibitors

产品编号： DS4000

基于配体的策略-总结

1. 通过ICM模型预测的亲脂性值(cLogP)过滤收集的原料

2. 将机器学习模型分类为初始虚拟筛选过滤器:

* ChEMBL数据库包含340条记录*和已知cPLA2抑制剂生物活性的相关数据被用作训练数据的来源。训练集中的诱饵由DUD-E方法生成;从ChEMBL数据中收集测试集中的诱饵

*两个独立的机器学习模型:基于计数的Morgan指纹构建的随机森林模型和基于ECFP4指纹构建的XGBoost模型

*综合上述模型的得分

3.对选定化合物进行多样性筛选，提高化学空间覆盖率

4. 从库存收集的LB选择得到约100K不同的化合物，准备用于SB研究

结构信息:

PDB数据库只包含一个结构(UniProt ID P47712, PDB代码:1CJY)，具有所需的域(CAP/Lid)。

Lid区域(代码:1CJY)的PDB结构包括未解析的环和侧链。这些区域使用FREAD方法建模。为了加强这些区域的采样，进行了额外的分子动力学研究。

关键步骤:

*使用OpenMM引擎在显式溶剂中模拟10 ns分子动力学，以改善Lid/CAP区域的采样

*结合位点检测采用ICM算法。在模拟过程中，这个结合位点似乎是稳定的

*通过CAP区域的RMSD值对MD轨迹进行聚类进行对接研究:选择3个数量多的聚类

*用Flare (Cresset)进行分子对接和评分

*静电互补计算(Flare, Cresset)作为一种额外的基于结构的方法

基于结构的策略——总结

* 10 ns分子动力学样品结合位点构象

*与MD生成的三个多的集群进行共识对接

*静电互补计算

*基于对接和EC计算的SB选择得到了~17K个得分靠前的化合物

*所选化合物的多样性筛选产生5.6K个化合物

*基本物理化学性质和代表性结构的分布如下图所示

陶术生物的所有产品和服务仅用于科学研究，我们不为任何个人用途提供产品和服务。

产品规格

技术资料

陶术生物化合物库目录(28.1MB)

库化合物信息

Excel

SDF

产品描述

胞质磷脂酶A2 (GIVA cPLA2)参与许多炎症性疾病。合成的GIVA cPLA2抑制剂作为潜在的抗炎药物引起了人们的极大兴趣。设计策略:

ChEMBL数据库包含超过340条记录与生物活性相关数据-基于配体的虚拟筛选 *利用人胞质磷脂酶A2的晶体结构进行结构设计

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化合物库组成

化合物库信息示例

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Empty	RPW-24	SRT1720 hydrochloride	INH6	SRT 2183	AMG208	Pentadecanoic acid	Apiopaeonoside	Pemirolast potassium	L-Anserine nitrate salt	Sodium Picosulfate	Empty
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Empty	Lercanidipine	Cobicistat	1-Ethyl-2-benzimidazolinone	ROSIRIDIN	PF-AKT400	Benzyl alcohol	1-Methylnicotinamide chloride	MX69	CVT-10216	LCL161	Empty
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Empty	Tirasemtiv	Roniacol	Rg3039	Z433927330	Desloratadine	CH5132799	5-Bromoindole	Smurf1-IN-A01	Halosulfuron-methyl	Piceatannol	Empty
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Empty	ML346	SB 4	Daclatasvir	Daclatasvir dihydrochloride	NADPH (tetracyclohexanamine)	AZD8055	Vistusertib	PAβN dihydrochloride	HZ1157	Rotundine	Empty
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Empty	Thiamet G	B-AP15	Silmitasertib	Levofloxacin	Pamicogrel	GSK369796 Dihydrochloride	2-Chloronaphthoquinone	TFAP	Tenovin3	Azvudine	Empty
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Empty	Milnacipran hydrochloride	BW-A78U	Tenovin-6	DL-Normetanephrine hydrochloride	Triclocarban	CUDC101	Chlorpropham	Mestinon	Zacopride hydrochloride	PF04691502	Empty
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